“毕德曼慧星”正朝着地球飞奔而来，给人类致命一击。当局紧急行动，研究出一个最佳方案——由宇航员坦纳（罗伯特·杜瓦尔RobertDuvall饰）驾驶“弥赛号”飞船飞往慧星，把预先准备好的核弹放置到慧星上面引爆，以令它化成碎片或是改变轨道。坦纳英勇地完成了任务，却发现并没有取得预期效果。慧星碎成了一大一小两部分，向地球步步逼近。当局迅速采取最后的行动，用“诺亚方舟”计划保住包括人类在内的一些地球物种。这是一个秘密的地下庇护所，只有少数的人可以在这里避开大劫难，等灾难散尽后方重建世界。较小的那部分慧星已经撞向地球，引发山崩地裂，一片世界末日的景象。而跟随其后的大慧星给地球带来的毁灭程度，将远远超乎人们想象，力挽狂澜的人类进入了倒数时刻。

1998年5月，在一次星空聚会上，青少年业余天文学家LeoBeiderman观察到了夜空中的一个不明物体。他向天文学家马库斯·沃尔夫博士发送了一张照片，后者意识到这是一颗正在与地球相撞的彗星。沃尔夫在赛跑发出警报时遭遇车祸身亡。

一年后，记者珍妮·勒纳调查财政部长艾伦·里滕豪斯与“艾莉”的关系，她以为艾莉是情妇，但当她发现他和他的家人正在一艘船上装载大量食物和其他救生装备时，她感到很困惑。她被联邦调查局逮捕，并被带到会见总统汤姆·贝克，后者说服她不要分享这个故事，以换取在他将安排的新闻发布会上扮演重要角色。她随后发现“Ellie”实际上是一个缩写词——ELE——代表“灭绝级事件””。两天后，贝克宣布沃尔夫-贝德曼彗星将在大约一年内撞击地球，并可能导致人类灭绝。他透露，美国和俄罗斯一直在轨道上建造弥赛亚号，这是一艘运送一支团队用核弹改变彗星路径的航天器。

不久后，弥赛亚号与五名美国宇航员和一名俄罗斯宇航员组成的机组人员一起升空。他们降落在彗星的最外层，并将核弹钻入彗星表面深处，但彗星却转移到了阳光下。结果，一名宇航员失明，另一名宇航员因气体爆炸释放而被推进太空。剩下的船员逃离彗星并引爆了炸弹。然而，炸弹并没有使彗星偏转，而是将其分成两半。贝克在电视讲话中宣布任务失败，两块碎片——较大的现在被命名为“沃尔夫”，较小的被命名为“贝德曼”——仍将前往地球。沃尔夫正在与加拿大西部相撞，这将使大气中充满灰尘，并形成一个撞击冬季。。天空将变暗两年，阻挡阳光并杀死地球表面的所有生命。

实施戒严令，并通过抽签选出80万美国人，与20万预先选定的个人一起进入密苏里州石灰石悬崖的地下避难所。勒纳和贝德曼一家都被预先选中，以感谢他们发现了这颗彗星，尽管利奥的女朋友莎拉和她的家人没有被选中。利奥与莎拉结婚，试图拯救她的家人，但徒劳无功。虽然这拯救了莎拉，但她的家人仍然没有被选中，她拒绝离开他们。用洲际弹道导弹偏转彗星的最后努力失败。到达避难所后，利奥放弃了自己的安全，出发去寻找莎拉。他在高速公路上找到了她，并带着她和她的小弟弟去了地势较高的地方，而她的父母却留下了。勒纳将疏散直升机上的座位让给了一位同事和她年幼的女儿，转而前往海滩，在那里她与疏远的父亲和解。

贝德曼碎片袭击了北卡罗来纳州哈特拉斯角附近的大西洋，引发了一场特大海啸，摧毁了美国东海岸的大部分地区，到达俄亥俄河谷，还袭击了欧洲和非洲，导致数百万人死亡，其中包括莎拉的父母、勒纳和她的父亲。利奥、莎拉和她的小弟弟到达阿巴拉契亚山脉山麓后幸存下来。弥赛亚号船员决定牺牲自己，通过飞入其内部并引爆剩余的核弹来摧毁更大的狼碎片。他们告别亲人并执行他们的计划。狼被炸成更小的碎片，在地球大气层中无害地燃烧。

洪水退去后，贝克总统在正在建设中的美国国会大厦替代场向一大群人发表讲话，鼓励他们在开始重建时记住那些逝去的人。